民國87年11月16日雲林縣議會第十四屆第二次定期會第九次會議決議通過，於高速鐵路雲林車站特定區內無償提供約五十四公頃之土地，邀請本校赴縣設立雲林分部。 本校校務會議於民國88年2月通過將雲林校區列入規劃，為推動籌備工作，本校於民國88年2月成立雲林校區規劃小組，由陳正宏副校長擔任召集人；籌設計畫案經行政院同意後， 本校於民國89年10月成立雲林分部籌備小組，(89.10.1~96.8.31)由前醫學院院長謝博生教授擔任籌備小組召集人，(96.9.1~102.7.31)由醫學院楊院長泮池兼任籌備小組召集人, (102.8.1~105.7.31)由行政副校長張慶瑞兼任籌備小組召集人， (105.8.1~106.3.24)由臺大醫學院王崇禮教授擔任籌備小組召集人, (106.3.25~106.4.30)由行政副校長張慶瑞兼任籌備小組召集人, (106.5.1~111.7.31) 由臺大醫院雲林分院黃瑞仁院長兼任籌備小組召集人。 (111.8.1~迄今) 由臺大醫院雲林分院馬惠明院長兼任籌備小組召集人。

本校雲林分部於民國90年至92年之間，協調相關單位進行雲林分部校地撥用、校園整體規劃、環境影響評估規劃、公共設施及第一期多功能行政大樓規劃等案，並先後獲行政院相關主管單位核定，完成行政流程。

雲林分部校地撥用及上述規劃案經政府核定後，即進行環境影響評估、基地界樁、地上物處理、地質鑽探、公共設施設計、第一期多功能行政大樓興建設計、校園植栽及校地清潔維護等工作之行政協調，均依原訂時程完成。

為因應雲林縣鄉親之殷切期望，於民國90年2月開始，協調醫學院及附設醫院同仁在雲林縣展開社區醫學教育訓練、健康服務及醫療支援，協調生農學院同仁在雲林縣進行農業提昇活動，協調工學院同仁進行雲林縣工業發展規劃。

雲林縣政府原承諾提供本校雲林分部建校經費20億元，縣政府撥付8億元後，在民國95年初表示因財務困難，未克繼續撥付餘款。為因應此一突發情況，校方將原規劃的第一期多功能行政大樓暫緩發包施工，經費移用於挹注台大醫院雲林分院虎尾院區第一期醫療大樓之興建。惟仍期盼縣府原承諾之12億經費仍能到位，俾使後續規劃能順利進行。

臺大醫院雲林分院虎尾院區第一期醫療大樓在附設醫院全力協助下，於94年7 月動工， 96年9月3日開始營運，10月19日正式啟用典禮；台大醫院雲林分院虎尾院區醫護宿舍大樓預計99年12月底完工。並依環保署規定同時進行施工期間環境監測計畫，已於台大醫院雲林分院94年7月14日動工後開始監測，目前仍依照環評規定持續監測作業。

本校生物資源暨農學院雖然居國內農業領域之領導地位，卻因為地理位置偏北，遠離我國之主要農業生產地，較缺乏與基層農業從業人員接觸之機會，並且失去直接輔導農民、農業發展的契機。基於此，農業經濟學系以其培養農企業經營、農業行政、農業政策分析、環境資源管理等專業人才之主要教育目的，思及農業轉型之際，尤其需要大量之農業經營菁英，才能落實農業技術之經濟價值；同時因應國人環保意識之提升，也需要培育環境資源管理人才，深刻體認在雲林分部培養優秀農業菁英對本院紮根基層之重要性，因此由農經學系師資配合產、官界有實務經驗之專業人士，設立「農業經濟與環境資源管理」碩士在職專班，積極培養農業經濟與環境資源管理之專業人才，以達到「學術下鄉」、「產學合作」的理念。